洪澤，借湖得名。夏朝時(shí)，為淮夷人聚落。西周時(shí)，是徐國腹地。春秋時(shí)期，屬吳、越；戰(zhàn)國時(shí)期，屬楚國；秦時(shí)，境內(nèi)東部屬東陽縣，南部屬盱臺(tái)（眙）縣，西部屬徐縣，北部屬淮陰縣。
漢朝時(shí)，境域先后分屬徐、高平、睢陵、盱眙、富陵、淮陰、東陽、平安等縣。
三國時(shí)期全境屬魏。晉時(shí)，隸屬多變，境內(nèi)先后分屬淮陰、東陽、盱眙、山陽等縣。南北朝南齊永明七年（公元489年），割直瀆、破釜（破釜塘即洪澤湖一部）以東，淮陰鎮(zhèn)下流雜100戶置淮安縣。洪澤境東部始屬淮安縣。
隋時(shí)，地處下邳郡、江都郡邊界，東部屬安宜縣、山陽縣，南部屬盱眙縣，西部屬徐城縣，北部屬淮陰縣。
唐時(shí)，全境處泗州與楚州邊界，東部屬寶應(yīng)縣、山陽縣，南部屬盱眙縣，西部屬徐城縣、臨淮縣，北部屬淮陰縣。
五代時(shí)，地處后晉邊境；后，境域大部屬南唐。
北宋時(shí)，全境處泗州和楚州邊界，東部屬寶應(yīng)縣，南部屬盱眙縣，西部屬臨淮縣，北部屬淮陰縣、山陽縣。南宋、金時(shí)期，境域分屬金與南宋。
元時(shí)，境域處河南江北行省、東道宣尉司邊界，東部屬山陽縣、寶應(yīng)縣，南部屬盱眙縣、臨淮縣，西部屬泗州，北部屬桃源縣、清河縣。
明時(shí)，全境屬南京（南直隸），地處鳳陽、淮安、揚(yáng)州三府邊界；東部屬寶應(yīng)縣，隸揚(yáng)州府高郵州；南部屬盱眙縣，西部屬泗州，隸鳳陽府；北部屬桃源縣、清河縣，東北屬山陽縣，隸淮安府。
清初沿明制；康熙時(shí)全境處江蘇布政使和安徽布政使司邊界；嘉慶時(shí)，全境處江蘇省、安徽省邊界。
民國時(shí)，全境處江蘇、安徽兩省邊界。西部屬泗縣，南部屬盱眙縣，隸安徽省淮泗道；北部屬泗陽縣、淮陰縣，東部屬淮安縣、寶應(yīng)縣，隸江蘇省淮揚(yáng)道；后略有調(diào)整，分隸安徽省第六行政督察專員公署和江蘇省第五（后改為第七）、第六行政督察專員公署。
抗日戰(zhàn)爭時(shí)期，新四軍開辟洪澤湖地區(qū)根據(jù)地，境內(nèi)先后建立淮寶縣和洪澤縣，后撤銷。
抗日戰(zhàn)爭開始后，中國共產(chǎn)黨領(lǐng)導(dǎo)的新四軍二師在洪澤湖以東開辟根據(jù)地，于民國30年（公元1941年）10月在縣境東部（洪澤縣岔河鎮(zhèn)）建立淮寶縣政府（1950年2撤銷）；新四軍四師開辟洪澤湖根據(jù)地，于民國31年（公元1942年）4月在縣境西部洪澤湖區(qū)建立洪澤縣政府（期間因故曾臨時(shí)撤銷，后即恢復(fù)，并于民國36年即公元1947年6月撤銷），洪澤置縣始于此。時(shí)，縣境內(nèi)設(shè)有兩個(gè)縣級民主政府。
中華人民共和國成立初至1952年2月，全境曾分屬泗洪、盱眙、泗陽、淮陰和淮寶5縣。
1950年2月后至1956年5月建縣前，全境分屬泗洪、盱眙、泗陽和淮陰4縣。
1956年5月，經(jīng)中華人民共和國國務(wù)院批準(zhǔn)，重新設(shè)置洪澤縣，隸屬江蘇省淮陰專員公署。
1983年，實(shí)行市管縣體制，淮陰專區(qū)改為淮陰市，洪澤縣隸屬淮陰市。
1985年12月，江蘇省人民政府對洪澤縣行政區(qū)劃重新調(diào)整，洪澤湖部分水面及淮河、臨河、半城、成河等鄉(xiāng)鎮(zhèn)劃出，盱眙縣和淮陰縣部分村劃進(jìn)，全縣仍隸屬江蘇省淮陰市。
2001年2月，淮陰市改名為淮安市后，洪澤縣隸屬淮安市延續(xù)至今。
2016年7月，撤銷洪澤縣，設(shè)立淮安市洪澤區(qū)，以原洪澤縣的行政區(qū)域?yàn)楹闈蓞^(qū)的行政區(qū)域。
2016年10月8日，淮安市洪澤區(qū)正式掛牌成立。