原卓尾垟村解放初為卓尾洋村，原南下村解放初為南山頭、橫路下2村；不久南山頭、橫路下合并，分別取原名首尾字命名為“南下村”；原銀珠坑村解放初即為此名；均屬白云鄉(xiāng)，1952年至1958年屬巖上鄉(xiāng)。
1958年分別建立卓尾洋、南下、銀珠坑生產(chǎn)隊，屬百丈公社巖上生產(chǎn)大隊；1959年2月起屬百丈公社巖上管理區(qū)；1961年9月起為卓尾洋、南下、銀珠坑生產(chǎn)大隊，屬巖上公社。
1984年5月分別改為卓尾垟、南下、銀珠坑行政村，屬巖上鄉(xiāng)；1992年巖上鄉(xiāng)并入包垟鄉(xiāng)。
1992年重新認定革命老區(qū)，原卓尾垟、南下、銀珠坑3村均被認定為革命老區(qū)村。
2004年，卓尾垟、南下、銀珠坑3村合并組建卓南坑村，屬包垟鄉(xiāng)。
2011年4月，包垟鄉(xiāng)撤銷，并入百丈鎮(zhèn)。
2016年行政區(qū)劃調(diào)整后并入包垟鄉(xiāng)。
一直沿用至今。