宋、元屬來暮鄉(xiāng)。
明弘治《溫州府志》卷六載：“來暮鄉(xiāng)，在縣西南四十里�！泵骷尉改觊g屬來暮鄉(xiāng)三十六、三十七、三十八都。
1930年設(shè)來安區(qū)。
1931年設(shè)馬嶼鄉(xiāng)。
龜、蛇二山原為島嶼，形似馬鞍，合稱“馬嶼”，故名。
1935年分屬來安鄉(xiāng)、沿厚鄉(xiāng)。
1946年置馬嶼鎮(zhèn)。
1952年分置馬嶼鎮(zhèn)及馬嶼鄉(xiāng)。
1956年鳳鳴、篁社、馬嶼３個鄉(xiāng)并入馬嶼鎮(zhèn)。
是年10月，析置鳳鳴鄉(xiāng)、望社鄉(xiāng)。
1961年改人民公社。
1984年復(fù)為馬嶼鄉(xiāng)。
1984年撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)。
1992年江浦鄉(xiāng)、清垟鄉(xiāng)并入。
1949--1992年為馬嶼區(qū)公所駐地。
2000年篁社鎮(zhèn)并入。
2011年曹村鎮(zhèn)與梅嶼、大南、順泰３個鄉(xiāng)并入，形成現(xiàn)今之政區(qū)范圍。