明屬松源鄉(xiāng)向方里，清屬松源鄉(xiāng)第一、第二都。
民國屬楓合鄉(xiāng)、喬竹鄉(xiāng)。
1950年車根部分屬東喬鄉(xiāng)，1956年屬后廣鄉(xiāng)，1961屬后廣人民公社1981年析稱黃陂管理區(qū)1984年稱車根鄉(xiāng)。
1951年析建齋郎鄉(xiāng)，1958年稱齋郎管理區(qū)，屬新村人民公社，1961年稱齋郎人民公社，1984年復鄉(xiāng)。
1992年，全縣撤擴并，由車根鄉(xiāng)和齋郎鄉(xiāng)兩鄉(xiāng)合并稱百山祖鄉(xiāng)。
2013年3月，根據(jù)浙政函[2013]61號文件，撤銷百山祖鄉(xiāng)、合湖鄉(xiāng)建制，合并設立百山祖鎮(zhèn)后屬百山祖鎮(zhèn)。
百山祖鄉(xiāng)是“全國環(huán)境優(yōu)美鄉(xiāng)”“浙江省生態(tài)鄉(xiāng)”。