唐前屬鄮縣、鄞州。
唐開元二十六年（738），以舟山群島置翁山縣，屬翁山縣安期鄉(xiāng)。
大歷六年（771）翁山縣廢，屬余姚郡鄮縣。
五代后梁開平三年（909），改鄮縣為鄞縣，屬鄞縣。
北宋熙寧六年（1073），在舊翁山縣地建昌國縣，屬昌國縣安期鄉(xiāng)三山里。
元因之。
洪武十九年（1386），朝廷實行""海禁""政策，強徙島民入內地，次年昌國縣廢，改屬定海縣（今寧波市鎮(zhèn)海區(qū)和北侖區(qū)）。
清順治十三年（1656）十月，朝廷再次強遷島民入內地。
清康熙二十七年（1688），以舊昌國縣地建定海縣，屬定海縣安期鄉(xiāng)，有法雨、吉祥、飛沙、梵岙、后岙、虓虎6岙。
清道光二十一年（1841），置定海直隸廳安期鄉(xiāng)洛迦莊。
宣統(tǒng)二年（1910），籌辦城、鎮(zhèn)鄉(xiāng)地方自治，屬定海直隸廳洛舵鄉(xiāng)。
民國初沿襲清制。
1919年，改編城鎮(zhèn)、鄉(xiāng)自治區(qū)，協(xié)和鄉(xiāng)屬定海第七區(qū)。
1934年，劃分為定海縣第五區(qū)桃一、桃二、桃三、桃四、桃五5個鄉(xiāng)，1935年合并第五區(qū)桃花鄉(xiāng)，1936年撤區(qū)設鄉(xiāng)鎮(zhèn)聯(lián)合辦事處，屬第四辦事處。
1945年后為六橫區(qū)桃花鄉(xiāng)。
1949年改設為六桃區(qū)桃花鄉(xiāng)。
1934年建普陀山鄉(xiāng)，屬定�？h第二區(qū)，為普陀山建鄉(xiāng)之始。
1945年改為定海縣普陀區(qū)普陀山鄉(xiāng)，1946年又改為定海縣沈家門區(qū)普陀山鄉(xiāng)。
1950年5月解放，仍屬定�？h沈家門區(qū)普陀山鄉(xiāng)。
1953年4月，以舟山群島成立舟山專區(qū)，建普陀縣，屬普陀縣普陀區(qū)。
1956年，起直隸于普陀縣。
1958年10月，改建為舟山縣東海公社普陀山大隊，1959年1月，設沈家門公社普陀山管理區(qū)。
1961年10月，建舟山縣普陀區(qū)普陀山人民公社。
1962年5月，舟山專區(qū)恢復，復屬普陀縣。
1963年，葫蘆島從普陀山鄉(xiāng)析出，成立葫蘆鄉(xiāng)人民公社。
1984年，撤銷人民公社，改建為普陀山鄉(xiāng)。
1989年，撤普陀山鄉(xiāng)，改建普陀山鎮(zhèn)，鎮(zhèn)政府駐磐陀庵（梅岑路119號）。
名稱沿用至今。