芙蓉始建于東晉寧康二年（374），民國(guó)20年(1931)置芙蓉鎮(zhèn)。
1949年10月為芙蓉鄉(xiāng)；1950年為芙蓉鎮(zhèn)；1956年2月芙蓉鎮(zhèn)與小芙、雁芙、雁西3鄉(xiāng)及嶺底鄉(xiāng)之小舟山村合并設(shè)芙蓉鄉(xiāng)，8月縣行政區(qū)劃調(diào)整重分為芙蓉、雁芙兩鄉(xiāng)；1958年設(shè)芙蓉管理區(qū)，屬芙蓉公社；1961年管理區(qū)撤銷，改為芙蓉公社；1983年政社分設(shè)，改稱芙蓉鄉(xiāng)，屬清江區(qū)；1985年4月撤鄉(xiāng)，改為建制鎮(zhèn)；1992年5月小芙鄉(xiāng)并入；2011年5月，嶺底鄉(xiāng)、雁湖鄉(xiāng)建制撤銷，其行政區(qū)域并入芙蓉鎮(zhèn)；2015年12月，芙蓉鎮(zhèn)管轄范圍調(diào)整，劃出部分區(qū)域增設(shè)嶺底鄉(xiāng)。