轄區(qū)民國期間為山面鄉(xiāng)。
1949年5月后，以夏林頭至澤基山嶺為界，南稱嶺外，北名嶺底，本鄉(xiāng)居北，因名嶺底鄉(xiāng)，屬清江區(qū)；1956年2月撤區(qū)并鄉(xiāng)，嶺外鄉(xiāng)并入，仍稱嶺底鄉(xiāng)，屬樂清縣；1956年8月，樂清縣行政區(qū)劃調(diào)整，屬虹橋區(qū)；1958年公社化時成立嶺底管理區(qū)，屬芙蓉公社；1961年管理區(qū)撤銷，成立嶺底公社，屬清江區(qū)；1983年12月政社分社，改稱嶺底鄉(xiāng)。
2011年鄉(xiāng)鎮(zhèn)行政區(qū)劃調(diào)整，將原有嶺底鄉(xiāng)合并設(shè)置芙蓉鎮(zhèn)。
2015年12月重新設(shè)立嶺底鄉(xiāng)。