清末屬西安縣臨江鄉(xiāng)五十三都，1948年為航埠鄉(xiāng)十一保，1950年為北淤鄉(xiāng)六村，1956年建航埠鄉(xiāng)民主、黃泥山頭高級(jí)社，1958年設(shè)邵家管理區(qū)劉家、三百葉生產(chǎn)隊(duì)及航埠管理區(qū)黃泥山頭生產(chǎn)隊(duì)，1961年為航埠公社新劉三、黃泥山頭大隊(duì)，1984年為航埠鄉(xiāng)新劉三、黃泥山頭村，1985年隸航埠鎮(zhèn)，2013年8月新劉三、黃泥山頭2村合并稱雨靈山村。
聶、葉、劉為原居主要姓氏，張、徐、黃諸姓均于1960年從新安江庫區(qū)移入。