航頭鎮(zhèn)現(xiàn)域，按《嚴州圖經(jīng)》記載，其時為壽昌縣壽昌鄉(xiāng)、仁豐鄉(xiāng)屬地；宋末推行都圖制后，屬壽昌縣四都、五都、十都、十一都屬地；清雍正六年（1728）為壽昌縣破墈、大山、航頭、曲斗、吳潭、南山翁、南山洪、商家、赤源、胡村等10莊屬地。
1912年，系曲斗區(qū)、航川區(qū)、石屏區(qū)屬地。
1932年，設(shè)有航川、大店口、石屏等行政區(qū)劃專名。
1935年，完成鄉(xiāng)鎮(zhèn)整頓后，為仁壽、梅寧、川南、川北、里石、新華等鄉(xiāng)屬地。
解放前后，為航川、石屏、曲斗鄉(xiāng)屬地。
1950年劃建小鄉(xiāng)后，為航頭、航頭溪（1951年改溪沿）、全成（1951年改烏龍）、曲斗橋（1951年改曲斗）、大店口、玨塘、東村、石屏、南山鄉(xiāng)屬地。
1956年并鄉(xiāng)后，設(shè)航頭、溪沿、石屏、大店口4個鄉(xiāng)。
1958年底，屬航頭公社，1960年2月屬壽昌公社。
1961年7月設(shè)置航頭、溪沿（1965年4月并入航頭）、石屏、大店口4個公社。
1983年先后改社設(shè)鄉(xiāng)。
1992年4月，大店口鄉(xiāng)與航頭鄉(xiāng)合并新設(shè)航頭鎮(zhèn)；2005年，石屏鄉(xiāng)并入航頭鎮(zhèn)。