唐、宋時屬仁壽鄉(xiāng)。
明、清時屬五十六、五十七都，1928年設南馬鎮(zhèn)。
1949年仍稱南馬鎮(zhèn)。
1950年5月分拆成葛府鄉(xiāng)、南山鄉(xiāng)、華西鄉(xiāng)。
1956年3月3鄉(xiāng)合并改稱南馬鄉(xiāng)。
1958年9月更名為南馬人民公社南馬管理區(qū)。
1961年9月改稱南馬人民公社管理委員會。
1983年8月復稱南馬鄉(xiāng)。
1985年5月3日重稱南馬鎮(zhèn)，1992年5月明德鄉(xiāng)、大陽鄉(xiāng)并入。
1995年1月25日金宅、桐塢、荷葉塘、東里塘、后大路、后溪頭、雙白、街于頭8個村劃歸橫店鎮(zhèn)。
2003年10月8日防軍鎮(zhèn)并入。
2007年12月1日，柏塔、官橋、仁棠、路西、荷西澤、中興聯(lián)6個村劃歸橫店鎮(zhèn)代管。
2017年3月，南新村分設為南新、南城兩村；下安恬村分設下安恬、西瑤兩村。
2017年8月，南市街道環(huán)龍、柳塘、渼陂下3村劃歸南馬鎮(zhèn)管轄；同年南城、西瑤、環(huán)龍、柳塘、渼陂下五村并入南馬鎮(zhèn)花園村。