建政時為云亭鄉(xiāng)云亭村。
1956年并入蒲城鄉(xiāng)。
合作化時，為蒲城鄉(xiāng)云亭高級社。
1957年云亭鄉(xiāng)恢復，復屬云亭鄉(xiāng)。
公社化時，定名云亭管理區(qū)云亭大隊。
1961年屬云亭公社。
1984年析出界牌村委會，同時改名云亭鄉(xiāng)云亭村民委員會。
1992年撤鄉(xiāng)并入沿浦鎮(zhèn)。
2011年并入馬站鎮(zhèn)。
2019年蒼南縣村規(guī)模調整，云亭村、孟福林村、白蓬嶺村合并成云亭村。
2016年，增設沿浦鎮(zhèn)，歸沿浦鎮(zhèn)管轄，批準文號溫政函〔2016〕23號。