漢代時(shí)期，屬益州郡弄棟縣。
蜀漢時(shí)期，屬云南郡蜻蛉縣。
東晉、南宋，屬建都郡。
唐代時(shí)期，屬縻州都督府磨豫縣。
大理政權(quán)時(shí)期，先為環(huán)州，后改環(huán)州為華竹部，屬華竹部。
元代時(shí)期，置元謀縣，同置馬街集市。
清初時(shí)期，縣以下行政機(jī)構(gòu)設(shè)馬，屬月法車馬。
清乾隆年間（1736年—1796年），改馬設(shè)鄉(xiāng)，屬烏山前半鄉(xiāng)一、二、三、四甲。
民國(guó)十九年（1930年），改鄉(xiāng)為區(qū)，屬元謀縣第一區(qū)，合原未改區(qū)前之烏山前半鄉(xiāng)一、二、三、四甲為一鎮(zhèn)，稱馬街鎮(zhèn)。
民國(guó)二十九年（1940年），馬街鎮(zhèn)改名元馬鎮(zhèn)，升格為鄉(xiāng)級(jí)行政單位。
民國(guó)三十三年（1944年）1月，華竹鄉(xiāng)并入元馬鎮(zhèn)。
1950年1月19日，元謀縣城解放，隨即成立人民政府，元馬鎮(zhèn)屬區(qū)級(jí)單位。
1958年8月，成立紅旗公社，元馬鎮(zhèn)并入紅旗公社。
1962年，恢復(fù)元馬鎮(zhèn)。
2006年，能禹鎮(zhèn)并入元馬鎮(zhèn)。