西漢，屬益州郡地。
東漢、西晉、東晉屬永昌郡地。
南詔屬永昌節(jié)度地。
宋大理屬金齒地。
元屬金齒宜撫司。
明為道安安撫司及楊塘安撫司地。
明末清初置六庫千總，屬大理府云龍縣。
清朝乾隆十七年（1752年），白族段姓由清乾隆朝廷封為六庫土千總以后，一批白族和傈僳族先后遷至六庫周圍的半山一帶，，使這塊地方逐漸得以開發(fā)。
段姓土司家族，則集中于老六庫。
辛亥革命（1911年）后，析保山縣的登埂、魯掌、卯照、云龍的六庫、大興等地，成立魯掌行政公署。
民國二十一年（1932年），設瀘水設治局，六庫為其治地。
1951年2月，改設治局為瀘水縣，六庫為其轄地。
瀘水縣人民政府成立初期便動員高寒山區(qū)一部分農民遷六庫，于怒江西岸安家落戶。
1957年，成立六庫區(qū)。
1958年，改為公社。
1983年，復改為區(qū)，旋又改為六庫鎮(zhèn)。