蒙自，兩漢屬益州郡賁古縣地。
三國蜀漢屬興古郡賁古縣地。
晉屬興古郡隸寧州。
宋、齊屬梁水郡梁水縣地，隸益州。
梁朝仍之。
陳、隋屬昆州地，隸南寧州總管府。
宋大理前期屬巴甸地，隸通海都督府，后隸秀山郡。
元憲宗七年（1257）設目則千戶，隸阿僰萬戶府。
元至元元十三年（1276）改為蒙自縣，開始有蒙自之名。
明弘治十五年（1502）改土歸流，仍為蒙自縣，隸臨安府。
明正德三年（1508）置新安御，皆隸臨安衛(wèi)。
明正德六年（1511）省安南長官司入蒙自縣。
1648年李定國改蒙自為樂新縣。
清順治十年（1653）復改為蒙自縣，清康熙四年（1665）析縣東南地置開化府。
清康熙二十五年（1686）裁新安御，改置千總把總外委存城，隸臨元鎮(zhèn)。
清光緒十三年（1887）據《中法續(xù)議商務專條》開為商埠，設蒙自關，改隸臨安開廣。
1913年置蒙自道。
1929年裁蒙自道，直隸云南省政府。
1939年置隸云南省第三行政督察專員公署。
建國后，1950年隸蒙自專區(qū)，蒙自為行署駐地。
1957年蒙自專區(qū)與紅河哈尼族自治區(qū)合并，建紅河哈尼族彝族自治州，州府駐蒙自。
1958年蒙自縣撤銷改為蒙自聯(lián)社，由個舊市領導。
州府遷個舊市。
1959年10月恢復蒙自縣。
1961年改屬紅河哈尼族彝族自治州。
2010年9月10日，民政部批復同意撤銷蒙自縣設立蒙自市，名稱沿用至今。