古稱銅瀨邑。
西漢元封二年（前109）置銅瀨縣，屬益州郡。
東漢作同瀨。
三國蜀漢屬建寧郡。
唐初設(shè)同起縣，屬南寧州，天寶末廢。
兩爨時(shí)為西爨曲軛。
南詔稱曲軛川，屬拓東節(jié)度。
后期設(shè)納垢部，為滇東三十七部之一，宋大理國沿襲，屬石城郡。
元初改稱納垢千戶，轄易龍百戶，屬磨彌萬戶府。
至元十三年（1276），改納垢千戶為馬龍州，屬曲靖路（短期曾隸仁德府）。
明洪武十五年（1382），撤通泉縣入馬龍縣，隸曲靖府。
明弘治七年（1494）改設(shè)流官知州。
清代沿稱馬龍州，隸曲靖府。
1913年，撤州設(shè)縣，改稱馬龍縣，屬滇中道。
1950年3月，成立馬龍縣人民政府，屬曲靖地區(qū)專員公署。
同年10月，改設(shè)3個(gè)區(qū)。
1958年10月，撤銷馬龍縣建制，并入曲靖縣。
1961年7月復(fù)置馬龍縣。
1997屬曲靖市。
2018年2月9日，國務(wù)院批準(zhǔn)馬龍縣撤縣設(shè)區(qū)，設(shè)立曲靖市馬龍區(qū)，名稱沿用至今。