元代時(shí)期，九保阿昌族鄉(xiāng)境域?yàn)槟系槁奋娒窨偣芨v地。
明代初期，改為南甸營。
明正統(tǒng)九年（1444年），屬南甸宣撫司，為司署所在地。
清宣統(tǒng)三年（1911年），劃歸騰沖，屬騰越廳。
1956年，九保、勐宋兩村屬騰沖縣，其余屬南甸宣撫司轄地。
同年11月，九保、勐宋劃歸梁河縣，屬河西區(qū)九保鎮(zhèn)。
1958年10月22日，劃歸騰沖縣。
1959年，成立九保公社。
1969年，改名紅旗公社。
1971年，恢復(fù)大隊(duì)。
1984年，設(shè)九保區(qū)。
1988年2月，改設(shè)九保阿昌族鄉(xiāng)。