始建于西漢建元六年（公元前135年），屬堂瑯縣轄地。
明洪武十四年（1381年），為東川土府轄地。
明洪武十六年（1383年），為四川東川軍民府轄地。
清康熙三十八年（1699年），設(shè)則補(bǔ)汛（那烏汛），歸東川營(yíng)管轄。
清雍正六年（1728年），“庚戌之變”中，娜姑土目祿良正殺以則塘兵起事，響應(yīng)烏蒙彝族土酋祿萬(wàn)福叛亂。
鄂爾泰平定祿天佑之亂，在牛欄江東川廢六營(yíng)長(zhǎng)、九伙目而置四鄉(xiāng)八里，彝族地名全部廢止不用。
民國(guó)二年（1913年），會(huì)澤地區(qū)裁東川府，改名東川縣，娜姑鎮(zhèn)屬云南滇中道。
1950年7月，成立娜姑區(qū)公所和鄉(xiāng)。
1958年，成立娜姑公社。
1964年12月，恢復(fù)會(huì)澤縣，改隸曲靖地區(qū)，為會(huì)澤縣轄地。
1984年，娜姑公社改娜姑區(qū)。
1987年，改娜姑鎮(zhèn)。