紅塔區(qū)歷史悠久，先秦時屬古滇國地。
西漢元封二年（前109）屬益州郡俞元縣，蜀漢時為建寧郡俞元縣地，兩晉時為晉寧郡俞元縣地。
隋朝置寧州總管府西爨地。
唐代貞觀年間屬求州。
南詔贊普鐘九年（760）設置溫富州，屬河陽郡。
溫富州的設置，使玉溪市紅塔區(qū)在歷史上開始成為州一級的行政單位。
大理國時為河陽郡休制部。
元代至元十三年（1276）設新興州，隸屬澄江府，明清兩代沿襲。
1912年改稱新興縣，次年改為休納縣。
1916年因玉溪大河“形似玉帶，溪水清澈如碧玉”而改名玉溪縣。
1958年玉溪、江川兩縣合并，仍稱玉溪縣。
1961年又重新分開。
1983年9月9日改為玉溪市（縣級），隸屬于玉溪地區(qū)。
1999年12月13日，撤銷玉溪地區(qū)，設立玉溪地級市，原縣級玉溪市改為市轄區(qū)紅塔區(qū)。