建村時間不詳。
1933年設(shè)康樂設(shè)治局（1935年改設(shè)福貢設(shè)治局）龍馬鄉(xiāng)一保；1950年改設(shè)福貢縣二區(qū)鹿馬登村；1951年設(shè)鹿馬登鄉(xiāng)；1969年設(shè)鹿馬登大隊（1974年分出臘馬洛大隊）；1984年復(fù)設(shè)鹿馬登鄉(xiāng)；1988年設(shè)鹿馬登村公所，駐鹿馬登（今娃底）自然村；2000年12月村改委后，改稱鹿馬登村民委員會，沿用至今。
原鄉(xiāng)政權(quán)駐鹿馬登村，是村民群眾自我教育、自我管理、自我服務(wù)的基層群眾性自治組織，故名。