萬溪沖社區(qū)1950年1月12日呈貢縣人民政府成立（屬玉溪專區(qū)），原吳杰鄉(xiāng)改稱果園區(qū)萬溪沖。
1951年果園區(qū)改稱屬郎繆鄉(xiāng)萬溪沖。
1958年呈貢縣并入晉寧縣，為晉寧縣幸福人民公社郎繆管理區(qū)萬溪沖。
1961年4月恢復(fù)呈貢縣，并改原屬玉溪專區(qū)為昆明市管轄，為昆明市呈貢區(qū)吳家營公社萬溪沖生產(chǎn)大隊(duì)。
1965年9月呈貢由區(qū)改為縣為昆明市呈貢縣吳家營公社萬溪沖生產(chǎn)大隊(duì)，1984年撤銷人民公社建置，萬溪沖由大隊(duì)改鄉(xiāng)為昆明市呈貢縣吳家營區(qū)萬溪沖鄉(xiāng)，1988年萬溪沖由鄉(xiāng)改辦事處，為昆明市呈貢縣吳家營鄉(xiāng)萬溪沖辦事處。
1999年完成第三屆村委會換屆選舉工作后于2000年6月設(shè)立萬溪沖村委會，2004年，“呈貢縣村級換屆選舉和社區(qū)建設(shè)工作領(lǐng)導(dǎo)小組”依據(jù)《村（居）民委員會組織法》規(guī)定，成立了萬溪沖社區(qū)居民委員會。
2007年12月呈貢縣吳家營鄉(xiāng)改為呈貢吳家營街道辦事處，萬溪沖仍稱居民委員會。