7世紀(jì)前，仲巴地區(qū)隸屬“象雄阿爾巴”。
唐貞觀十八年（644，藏歷木龍年），雅礱悉補(bǔ)野第三十二代贊普松贊干布發(fā)兵征服象雄，將仲巴收于治下。
吐蕃政權(quán)建立后，為“象雄赤迪”轄區(qū)。
9世紀(jì)中葉，吐蕃陷入分裂割據(jù)，仲巴地區(qū)成為“貢唐王”屬地。
13世紀(jì)，元朝薩迦政權(quán)時(shí)期，仲巴隸屬“芒域萬戶”（亦稱阿里萬戶）。
17世紀(jì)中葉，清朝甘丹頗章政權(quán)時(shí)期，設(shè)立珠珠宗，由阿里噶本管轄。
1913年，西藏地方政府設(shè)立仲巴洛強(qiáng)溪，隸屬阿里噶本。
1960年，國務(wù)院批準(zhǔn)設(shè)仲巴縣，隸屬阿里專區(qū)。
1962年9月，仲巴縣由阿里專區(qū)劃歸日喀則專區(qū)。
2014年6月，撤銷日喀則地區(qū)，設(shè)立地級日喀則市，仲巴縣隸屬日喀則市。