吐蕃時(shí)期屬約如管轄。
13世紀(jì)元朝薩迦政權(quán)時(shí)期，今扎囊縣雅礱藏布江以南為帕竹萬(wàn)戶轄區(qū)，以北為蔡巴萬(wàn)戶轄區(qū)。
1912年，西藏地方政府在扎囊縣境內(nèi)設(shè)札囊、桑耶、札其3個(gè)宗溪，屬洛喀基巧。
1959年5月，撤宗設(shè)立札囊縣，隸屬山南專區(qū)。
1960年1月，經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)，將札囊宗、桑耶宗、札其溪合并，設(shè)立札囊縣。
1974年2月，札囊縣更名為扎囊縣，隸屬山南地區(qū)。
2016年1月，撤銷山南地區(qū)，設(shè)立地級(jí)山南市，扎囊縣隸屬山南市。