7世紀前，亞東地區(qū)隸屬“斯布域仲巴那囊王”轄區(qū)。
7世紀中葉，吐蕃政權(quán)將亞東一帶劃入“如拉茹”轄區(qū)，設(shè)千戶司等行政機構(gòu)。
9世紀中葉，吐蕃陷入分裂割據(jù)，亞東地方由桂氏統(tǒng)治，史稱“上部桂域”。
13世紀，元朝薩迦政權(quán)時期，由于第一任江孜法王囊欽帕巴貝桑征戰(zhàn)“夏爾同、洛同”，收復洛扎、亞東等地有功，薩迦政權(quán)將該地賞給為其領(lǐng)地，從此確立了江孜法王對亞東的統(tǒng)治，在帕里專門設(shè)立“帕里南木杰宗”，統(tǒng)管亞東一帶。
17世紀中葉，清朝甘丹頗章政權(quán)設(shè)立“帕克里宗”“亞東溪”，委派兩名俗官掌管亞東地區(qū)。
1913年至1921年，西藏地方政府在下司馬專門設(shè)立“卓木基巧”，設(shè)置“帕里宗”料理商務(wù)和政務(wù)。
1960年1月，撤銷亞東溪和帕里宗，合并設(shè)置亞東縣，隸屬江孜專區(qū)。
1964年5月，撤銷江孜專區(qū)，亞東縣劃歸日喀則專區(qū)。
2014年6月，撤銷日喀則地區(qū)，設(shè)立地級日喀則市，亞東縣隸屬日喀則市。