元朝時索縣這一帶稱為“索格”。
8世紀中葉，蘇毗與吐蕃統(tǒng)一，索地方劃歸“蘇毗茹”轄區(qū)。
9世紀中葉，吐蕃陷入分裂割據(jù)，索地方屬于藏北四大部落之一。
南宋寶慶三年（1227），蒙古汗霍爾金格對藏北實施軍事統(tǒng)治。
在索境內(nèi)形成“索巴”“軍巴”“榮布”等三個部落，并與三十九族地區(qū)的一些部落結盟，形成了42個部落，俗稱“四十二族”。
明朝先后歸附蒙古土默特部俺達汗、喀爾喀部卻圖汗。
明崇禎十年(1637)，索縣三大部落又歸附于蒙古和碩特部固始汗，十五年，噶丹頗章政權建立后，歸屬固始汗氏族統(tǒng)治。
五世達賴時期，固始汗將索縣三大部落贈給五世達賴作為溪卡。
清雍正十年（1732），清廷將索地方的三大部落劃歸西藏地方政府管理。
清乾隆十七年（1751），清廷將索地方的三大部落劃歸駐藏大臣管轄。
索縣三大部落歸由駐藏大臣直接管轄。
1916年，在索巴部落建立索宗，歸“霍爾基巧”管轄。
1941年，西藏地方政府撤銷“霍爾基巧”索宗歸“羌基巧”管轄。
1951年8月，昌都地區(qū)人民解放委員會第一辦事處成立，索宗隸屬其管轄。
1956年10月，成立了索宗黨委，隸屬昌都分工委丁青中心縣委領導。
1957年2月，索宗由黑河基巧辦事處代管。
1959年7月，索宗由昌都專區(qū)劃歸黑河專區(qū)，并撤銷索宗，設索縣。
1960年1月，經(jīng)國務院正式批準，撤銷索宗，設立索縣，隸屬黑河專區(qū)。
1970年，隸屬那曲地區(qū)。
2017年7月18日，國務院批準撤銷那曲地區(qū)設立地級那曲市，索縣屬那曲市管轄。