1965年7月經(jīng)自治區(qū)籌備委員會批準，設立黑河鎮(zhèn)。
同年11月黑河縣更名為那曲縣，黑河鎮(zhèn)更名為那曲鎮(zhèn)。
1969年那曲鎮(zhèn)經(jīng)國務院批準，所轄各居委會改稱為人民公社。
1984年全區(qū)政社分開，建立鄉(xiāng)政府中，那曲鎮(zhèn)所轄各人民公社復稱為鄉(xiāng)或居民委員會。
1989年6月全區(qū)撤區(qū)并鄉(xiāng)中，保留那曲鎮(zhèn)；將其原轄的第一、第二居民委員會合并為第一居民委員會；第三、第四居民委員會合并為第二居民委員會。
1999年全區(qū)行政區(qū)劃調(diào)整中，保留那曲鎮(zhèn)，將其原轄的2個居委會調(diào)整為3個居委會。
2019年新設立5個居委會。