松贊干布建立吐蕃政權(quán)后，在今乃東縣昌珠鎮(zhèn)設(shè)約茹治所，設(shè)雅隆、雅倉兩個東迪，隸屬約茹。
9世紀中葉，吐蕃政權(quán)崩潰，西藏陷入分裂割據(jù)，吐蕃末代贊普達瑪鄔東贊之子威宋一派勢力占據(jù)乃東，被擁立為王。
10世紀初，威宋及其后裔勢力被迫逃離。
云丹王子之子赤德滾寧占據(jù)乃東，而后又被秦木氏氏族統(tǒng)治。
12世紀中葉，噶舉派中的帕木竹巴勢力在山南興起。
南宋咸淳四年（1268，藏歷第五饒迥土龍年）蒙古汗及薩迦政權(quán)在乃東雅堆設(shè)雅桑萬戶。
元至正十四年（1354），帕竹地方政權(quán)建立后，絳曲堅贊在乃東設(shè)宗，成為西藏地方13個大宗之一。
明崇禎十五年（1642），甘丹頗章政權(quán)建立，乃東境內(nèi)有乃東、溫宗、頗章、亞堆、格巴等5個宗溪（卡），乃東為一級大宗，溫宗為二級宗。
清乾隆十六年（1751），西藏地方政府仍設(shè)乃東宗。
1912年，西藏地方政府在澤當設(shè)立洛喀基巧（即山南總管），乃東宗、澤當溪歸其管轄。
1959年5月，平叛改革之后，乃東、澤當、頗章、亞堆合并，設(shè)置乃東縣。
1960年1月，經(jīng)國務(wù)院批準，撤銷乃東宗、澤當溪，合并設(shè)立乃東縣，屬山南專區(qū)。
2016年1月，撤銷山南地區(qū)和乃東縣，設(shè)立地級山南市和山南市乃東區(qū)。