清康熙二十五年（1686年），西藏地方政府設(shè)立噶本機構(gòu)，昆莎部分區(qū)域?qū)侔⒗锔帘局睂賲^(qū)，部分區(qū)域?qū)倌侨绫竞妥笞蟊竟茌牐?dāng)時昆莎是阿里噶本冬季駐地。
1951年，阿里和平解放以后，昆莎曾作為中共阿里分工委和阿里騎兵支隊駐地，至1966年一直是阿里政治、軍事中心。
1960年，成立昆莎鄉(xiāng)。
1961年，在索麥村二組建立昆莎區(qū)公所。
1984年—1985年，昆莎區(qū)公所（今昆莎鄉(xiāng)人民政府駐地）從索麥二組搬遷到郭拉則松山腳下，距阿里地區(qū)駐地獅泉河鎮(zhèn)58千米。