據(jù)藏文史籍《第吳宗教源流》記載，雅礱悉補(bǔ)野的先祖聶墀贊布從波窩經(jīng)工布到達(dá)雅礱河谷，成為悉補(bǔ)野創(chuàng)始人。
其王位傳至第七代止貢贊普時(shí)，止貢贊普被大臣洛昂所殺，其一族后裔波杰布逃回波窩，自立為王。
后稱波噶南木第巴。
13世紀(jì)中葉，元朝及薩迦政權(quán)在衛(wèi)藏、阿里、林芝等地設(shè)立烏思藏納里速古魯孫等三路宣慰使司都元帥府，波窩地區(qū)隸屬烏思藏宣慰使司都元帥管轄，但享有一定程度的自治。
明崇禎十五年（1642，藏歷第十一饒迥水馬年），噶丹頗章政權(quán)建立后，波窩地區(qū)仍處在噶南木第巴的統(tǒng)治下，不受其管轄。
清康熙六十年（1721，藏歷第十二繞迥鐵牛年），出生于工布江達(dá)縣的貴族阿爾布巴因抵御準(zhǔn)噶爾有功，被康熙帝封為“貝子”，一度管理波窩一帶事務(wù)。
道光十三年（1833，藏歷第十四繞迥水蛇年），波窩王大臣唐堆扎布起兵叛亂。
道光十六年（1836，藏歷第十四繞迥火候年），清軍配合西藏地方政府平定叛亂后，仍委任波噶南木第巴為波窩地區(qū)基巧（總管）。
1912年，民國(guó)政府設(shè)川邊特別行政區(qū)，在金沙江以西新設(shè)14個(gè)縣，其中包括波窩地方。
1931年，西藏地方政府派人到波窩，清查戶口，核定稅額，設(shè)立駐曲宗的基巧，下設(shè)波堆（又稱傾多，上波窩地區(qū)）、波麥（又稱易貢，下波窩地區(qū)）、曲宗3個(gè)宗。
1950年10月，成立昌都地區(qū)人民解放委員會(huì)，波堆、波麥、曲宗3個(gè)宗歸其管轄。
1951年11月，昌都地區(qū)人民解放委員會(huì)駐波密第二辦事處正式成立，轄波堆、波麥、曲宗3個(gè)宗及白瑪桂溪（墨脫）一帶。
1954年，波堆宗更名為傾多宗，波麥宗更名為易貢宗。
1959年5月，昌都基巧辦事處所轄的傾多宗、易貢宗、曲宗3個(gè)宗劃歸塔工基巧辦事處。
同年7月，自治區(qū)籌備委員會(huì)第二次全體會(huì)議通過《關(guān)于西藏地區(qū)行政區(qū)劃的調(diào)整方案》，其中將傾多、易貢、曲宗3個(gè)宗合并，設(shè)立波密縣，隸屬塔工專區(qū)。
1960年1月，國(guó)務(wù)院正式批準(zhǔn)撤銷傾多、曲宗和易貢3個(gè)宗，合并設(shè)立波密縣，隸屬塔工專區(qū)（是年2月，塔工專區(qū)更名為林芝專區(qū)）。
1964年7月，林芝專區(qū)撤銷，波密縣劃歸昌都專區(qū)。
1983年10月，恢復(fù)林芝地區(qū)，波密縣復(fù)歸林芝地區(qū)。
2015年3月，撤銷林芝地區(qū)，設(shè)立地級(jí)林芝市，波密縣隸屬林芝市。