14世紀(jì)，帕竹政權(quán)在西藏推行宗溪制，昂仁宗即于此時建立。
西藏和平解放以前，昂仁宗隸屬班禪堪布會議廳管轄。
17世紀(jì)中葉，噶丹頗章政權(quán)建立昂仁宗，1952年前，昂仁宗和梅康薩溪隸屬日喀則基宗管轄，1959年3月28日，國務(wù)院發(fā)布命令，解散西藏地方政府，由西藏自治區(qū)籌備委員會行使西藏地方政府職權(quán)。
1960年1月，國務(wù)院正式批準(zhǔn)，撤銷昂仁宗和梅康薩溪，合并設(shè)置昂仁縣，歸日喀則專區(qū)管轄，1970年，改屬日喀則地區(qū)管轄。
2014年，撤銷日喀則地區(qū)設(shè)立地級日喀則市，昂仁縣隸屬日喀則市。