清代成為一處繁華集鎮(zhèn)，曾在此駐有外委。
新中國成立后一段時間內(nèi)仍習(xí)稱為皇后店。
1939年分屬武清縣第七區(qū)黃花店鄉(xiāng)、梁各莊鄉(xiāng)、甄營鄉(xiāng)及八里橋鄉(xiāng)。
1945年10月曾一度解放，同年底復(fù)淪陷為待解放區(qū)。
1948年11月解放，屬津武縣第五區(qū)。
1949年5月，津武縣撤銷，屬武清縣第十一區(qū)。
1949年10月改稱第八區(qū)，1950年8月改稱第九區(qū)，1952年1月改稱第十一區(qū)、第十二區(qū)。
1953年7月分屬于第十一區(qū)眷茲鄉(xiāng)和第十二區(qū)甄營鄉(xiāng)、八里橋鄉(xiāng)、黃花店鄉(xiāng)、魚市莊鄉(xiāng)和冀營鄉(xiāng)。
1956年分別屬于第十一區(qū)南雙廟鄉(xiāng)和第十二區(qū)黃花店鄉(xiāng)、梁各莊鄉(xiāng)和八里橋鄉(xiāng)。
1957年5月至1958年2月，建黃花店鄉(xiāng)，1958年9月，改為黃花店衛(wèi)星公社，1959年3月改稱黃花店公社。
1983年4月，改稱黃花店鄉(xiāng)，恢復(fù)黃花店鄉(xiāng)人民政府。
1998年12月，天津市政府批準(zhǔn)黃花店鄉(xiāng)撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)。
1999年1月，正式建鎮(zhèn)，名稱沿用至今。