戰(zhàn)國時(shí)期，本鎮(zhèn)屬燕國。
公元446年，北魏王朝拓拔氏入主幽州，瀕海地區(qū)因海侵人口銳減，村落荒廢，朝廷提出“凡不足百戶縣者罷之”，故“省泉州入雍奴”，該地屬雍奴縣所轄。
唐天寶元年（742），雍奴縣更名武清，高村屬武清縣。
宋遼對峙時(shí)期，高村屬遼國，金朝與南宋對峙時(shí)期，高村地區(qū)屬金朝武清縣。
元朝屬漷州。
明初，高村屬順天府。
燕王掃北，本鎮(zhèn)村莊又增多四村。
清朝乾隆七年武清縣縣境全圖記載，高村鎮(zhèn)區(qū)域?qū)偻ㄖ輩^(qū)管轄。
1937年日寇侵占武清后改編為鄉(xiāng)制。
1939年分別屬于武清縣第一區(qū)利尚屯鄉(xiāng)和第二區(qū)高村鄉(xiāng)和牛鎮(zhèn)鄉(xiāng)。
1940年實(shí)行縣公署鄉(xiāng)制，本鎮(zhèn)屬武清第二區(qū)被編為兩個鄉(xiāng)，牛鎮(zhèn)鄉(xiāng)和高村鄉(xiāng)。
1948年11月份解放，屬武清第六區(qū)，1949年調(diào)整區(qū)劃，改為第四區(qū)，1950年8月改稱第三區(qū)，1952年改稱第八區(qū)，1957年撤區(qū)并鄉(xiāng)建高村鄉(xiāng)。
2013年6月撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)為武清區(qū)高村鎮(zhèn)。