民國時期屬通天鄉(xiāng)第六保，1951年改為馬深鄉(xiāng)第二村，1955年為通天鄉(xiāng)紅光一社，1958年為通天公社九管理區(qū)，1962年為馬深公社二大隊，1967年改為紅旗公社二大隊，1972年改為馬深公社二大隊，1981年地名普查時命名為馬深公社蓬溪大隊，1984年社改鄉(xiāng)時定為馬深鄉(xiāng)蓬溪村，1987年12月將馬深鄉(xiāng)撤鄉(xiāng)。
將馬深、太蓬合并時，將原屬馬深鄉(xiāng)蓬溪村的一、二、三、四組定為太蓬鄉(xiāng)管轄，又將蓬溪村的五、六、七組劃歸通天鄉(xiāng)管轄。
1992年撤區(qū)并鄉(xiāng)建鎮(zhèn)后為消水鎮(zhèn)蓬溪村，1994年9月建制調(diào)整，從消水鎮(zhèn)劃出，為太蓬鄉(xiāng)蓬溪村。
2020年，村級建制調(diào)整，撤銷西門村、鯉魚村和蓬溪村，合并設(shè)立蓬溪村（營府函〔2020〕72號）。