民國(guó)時(shí)期，屬老林鄉(xiāng)第六保。
1951年，建政改為老林鄉(xiāng)第六村。
1955年，改為老林鄉(xiāng)改革社。
1958年，改為老林公社十三管理區(qū)（人民公社化運(yùn)動(dòng)）。
1962年，改為雙林公社六大隊(duì)。
1967年，改為光華公社六大隊(duì)。
1972年，為雙林公社。
1981年，地名普查更名為雙林公社黑馬溝大隊(duì)（取消序數(shù)地名）。
1984年，更名為黑馬溝村（政社分設(shè)）。
1992年，撤區(qū)并鄉(xiāng)建鎮(zhèn)雙林鄉(xiāng)并入老林鎮(zhèn)，黑馬溝村不變。
1997年5月，恢復(fù)雙林鄉(xiāng)建制，黑馬溝村不變。
2019年，根據(jù)川府民政[2019]9號(hào)文件批準(zhǔn)，劃歸老林鎮(zhèn)管轄。