牟子鎮(zhèn)古稱牟子鋪又稱牟子場(chǎng)、蘿卜場(chǎng)。
牟子據(jù)民國(guó)《樂山縣志》記載“牟子場(chǎng)創(chuàng)自明代，清重建，史上在此設(shè)牟子鋪為商業(yè)、絲綢、油、鹽、酒、鍋等物通仁、井、省坦大道”。
1934年屬平羌鄉(xiāng)，1952年置晨東鄉(xiāng)、關(guān)廟鄉(xiāng)、牟子鄉(xiāng)。
1955年將晨東鄉(xiāng)的全部，關(guān)廟鄉(xiāng)的4個(gè)村劃屬牟子鄉(xiāng)。
1958年又將關(guān)廟鄉(xiāng)的全部劃屬牟子鄉(xiāng)建立紅旗公社，轄6個(gè)管區(qū)，1個(gè)蔬菜農(nóng)場(chǎng)。
1959年，又將紅旗公社分為牟子公社和關(guān)廟公社。
1984年改牟子公社為鄉(xiāng)。
1992年調(diào)整鄉(xiāng)鎮(zhèn)建制，撤銷牟子鄉(xiāng)，新建牟子鎮(zhèn)，將關(guān)廟鄉(xiāng)并入牟子鎮(zhèn)。
1999年將牟子鎮(zhèn)分為牟子鎮(zhèn)和關(guān)廟鄉(xiāng)。
2019年12月，將牟子鎮(zhèn)翡翠社區(qū)、溝兒口村、馬邊河村、三橋村所屬行政區(qū)域劃歸全福街道管轄并撤銷關(guān)廟鄉(xiāng)改屬牟子鎮(zhèn)。