清道光二十三年（1843）、民國二十一年（1932）《陽曲縣志》均載名東南窊村。
1949-1950年歸屬陽曲縣第九區(qū)，1951年-1953年歸屬陽曲縣第三區(qū)大盂鄉(xiāng)，1954年-1957年歸屬陽曲縣大盂鄉(xiāng)，1958年8月，中共中央作出《關(guān)于在農(nóng)村建立人民公社問題的決議》，我國全面開展人民公社化運(yùn)動(dòng)，實(shí)行政社合一、撤鄉(xiāng)建社，農(nóng)業(yè)生產(chǎn)合作社改稱生產(chǎn)大隊(duì)，更名為東南窊大隊(duì)，1958年-1982年歸屬為陽曲縣大盂公社。
1983年10月，中共中央、國務(wù)院聯(lián)合發(fā)出《關(guān)于實(shí)行政社分開建立鄉(xiāng)政府的通知》，要求實(shí)行政社分開，恢復(fù)鄉(xiāng)，建立鄉(xiāng)人民政府，把人民公社管理委會(huì)改為鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）建制，生產(chǎn)大隊(duì)改為村民委員會(huì)（簡稱村委），更名東南窊村民委員會(huì)，1984年-1986年歸屬為大盂鎮(zhèn)，一直沿用至今。