堡子灣原屬于胡家窯鄉(xiāng)管轄。
1958年11月，由大仁縣劃歸為大同市后，屬于郊區(qū)“長城人民公社”胡家窯管理區(qū)管轄；1959年劃歸“胡家窯人民公社”管轄。
1960年6月，“胡家窯人民公社”改歸古城區(qū)領(lǐng)導(dǎo)；1964年11月，歸屬大同縣管轄；1966年，社址遷至堡子灣；1970年10月，該公社由大同縣劃歸為大同市，歸北郊區(qū)領(lǐng)導(dǎo)；1981年地名普查時，因與駐地名稱不符，更名為“堡子灣人民公社”；1984年11月建鄉(xiāng)時，改為“堡子灣鄉(xiāng)”。
2002年與新榮區(qū)拒墻鄉(xiāng)合并，成立新堡子灣鄉(xiāng)，政府駐地拒墻堡村，2005年1月18日，鄉(xiāng)政府駐地又遷回堡子灣村，沿用至今。