吳家堡唐屬太原縣，宋屬平晉縣，金大定29年（1189年）隨斷金鄉(xiāng)13村入徐溝縣，清道光六年（1826年）《太原縣志》載中堡為吳家堡，屬洛陽(yáng)都，民國(guó)元年（1912年）屬太原縣東南區(qū)，七年（1918年）屬太原三區(qū)，因以王姓為主改稱南王家堡，二十七年（1938年）屬清太徐抗日民主政府太三區(qū)，次年日偽稱晉泉縣南馬鄉(xiāng)王家堡（為鄉(xiāng)駐地），三十四年（1945年）屬太原縣為治村，三十六年（1947年）太原縣改晉源縣屬南馬鄉(xiāng)（為鄉(xiāng)駐地），1948年7月18日屬太原縣人民政府三區(qū)，1949年更屬晉源縣為王家堡行政村，1951年屬太原市第七區(qū)，與王家堡合成王吳鄉(xiāng)。
1954年屬小店區(qū)，1956年屬西里解鄉(xiāng)“五三”高級(jí)社，1958年屬郊區(qū)劉家堡公社為王吳大隊(duì)，1960年屬柳巷公社為管理區(qū)，1970年屬南郊區(qū)劉家堡公社，1984年5月9日撤社建鄉(xiāng)，成立村委會(huì)。