宋滅北漢，將并州治所遷榆次，在晉陽古城汾河東縣城北村附近建平晉縣城，南屯屬平晉縣。
宋太平興國初年，在現(xiàn)大南門“唐明飯店”附近的古唐明鎮(zhèn)建新城，恢復并州名稱，設太原府，本村屬太原府平晉縣。
元置冀寧道，平晉縣屬于冀寧道。
明洪武元年，廢冀寧道，重置太原府，平晉縣隸屬太原府。
明洪武四年，平晉縣城被洪水沖毀，遂選晉陽古城西南高阜處建新城，洪武八年改平晉縣為太原縣，本村屬太原縣。
清代沿用明代舊制，仍設太原府。
太原縣歸太原府管轄，整個清代南屯的隸屬基本沒有大的變動。
一九一二年中華民國成立。
一九一三年，全國實行省轄縣兩級管理，太原縣境內(nèi)劃為中、西北、東北、東南、西南五個區(qū)，本村屬西北區(qū)管轄，區(qū)公所駐地南堰村。
一九一七年，閻錫山政府在全省實行“村本政權”，將中、西北、東北、東南、西南區(qū)改為一、二、三、四、五區(qū)，本村屬第五區(qū)管轄。
一九三O年，太原縣歸山西省政府直轄，本村屬太原縣的管理未變。
一九三七年，太原縣被日軍占領，日偽成立太原縣公署，日偽統(tǒng)治時期，把太原市市轄地域劃為城內(nèi)兩個區(qū)、郊區(qū)三個區(qū)共五個區(qū)，本村屬五區(qū)。
一九四二年，日偽鎮(zhèn)府把太原縣改為晉泉縣，縣屬村莊未變。
一九四五年日本投降，閻錫山政府軍隊占領晉泉縣，并恢復太原縣舊稱。
同年，將太原市轄區(qū)市內(nèi)劃分為“內(nèi)八區(qū)”，郊區(qū)劃分為“外八區(qū)”區(qū)下設立主、附村，繼續(xù)實行主村下設附村及閭鄰統(tǒng)治，汾河西北從芮城村，南至西寨村的大片地域，劃分為外七區(qū)管轄，本村屬于外七區(qū)。
一九四七年，改太原縣為晉源縣，縣屬地域未變。
一九四九年三月，中國共產(chǎn)黨領導的太原市人民政府成立。
四月二十四日，人民解放軍解放太原，晉源縣人民政府成立。
五月二十七日，太原市人民政府首次調(diào)整區(qū)劃，將閻錫山政府統(tǒng)治時期的十六個區(qū)調(diào)整為八個區(qū)，南屯屬第七區(qū)。
一九五零年二月八日，將太原市區(qū)劃的八個區(qū)合并為四個區(qū)。
八月二十八日，汾河以西地區(qū)成立了第五區(qū)，本村屬第五區(qū)，區(qū)政府駐地閆家溝。
一九五一年八月二日，撤銷晉源縣建制，原晉源縣管轄的汾河以西地域劃為六區(qū)，本村仍屬第五區(qū)，區(qū)政府駐地閆家溝村。
一九五四年六月四日，成立南城區(qū)、北城區(qū)、新城區(qū)、小店區(qū)、萬柏林區(qū)、晉源區(qū)，區(qū)以下設街、鎮(zhèn)、鄉(xiāng)，本村屬萬柏林區(qū)小井峪鄉(xiāng)，區(qū)鎮(zhèn)府駐地閆家溝村，鄉(xiāng)政府駐地小井峪村。
一九五七年，太原市政府撤銷新城區(qū)、小店區(qū)、萬柏林區(qū)、晉源區(qū)，保留北城區(qū)、南城區(qū)，新成立郊區(qū)建制，全市設三個區(qū)人民委員會。
郊區(qū)人民委員會（當時俗稱大郊區(qū)）轄七鎮(zhèn)、二十鄉(xiāng)，本村屬小井峪鄉(xiāng)，郊區(qū)人民委員會駐地新建路。
一九五八年七月十四日，成立河西區(qū)人民委員會，原郊區(qū)所屬的街辦，礦區(qū)歸河西區(qū)管轄，農(nóng)村鎮(zhèn)（鄉(xiāng)）成立人民公社，本村屬郊區(qū)小井峪人民公社。
一九五九年三月三日，撤銷郊區(qū)人民委員會建制，將郊區(qū)人民委員會管轄的農(nóng)村人民公社分別劃歸北城區(qū)、南城區(qū)和河西區(qū)管轄，本村屬河西區(qū)小井峪人民公社。
河西區(qū)人民委員會駐地新建路。
一九六零年三月五日，恢復郊區(qū)人民委員會建制。
六月二十日，撤銷北城區(qū)、南城區(qū)、河西區(qū)、郊區(qū)人民委員會，成立萬柏林、和平等九個人民公社（俗稱大公社），公社以下分設管區(qū)，管區(qū)管理三至九個村，本村屬和平人民公社、南屯管區(qū)。
和平人民公社駐地迎澤西大街，管區(qū)駐地南屯。
一九六一年四月十八日，撤銷萬柏林、和平等九個人民公社，成立北城區(qū)、南城區(qū)、河西區(qū)、晉源區(qū)，本村屬河西區(qū)人民委員會、小井峪農(nóng)村人民公社。
一九六三年四月一日，成立郊區(qū)人民委員會，郊區(qū)人民委員會轄二十八個農(nóng)村人民公社，本村屬小井峪農(nóng)村人民公社，郊區(qū)委員會駐地新建路。
一九七零年，成立太原市北郊區(qū)革命委員會，本村屬北郊區(qū)革命委員會，由小井峪人民公社革命委員會管轄，北郊區(qū)革命委員會駐地柴村。
一九八一年九月，太原市北郊區(qū)第七屆人民代表大會選舉產(chǎn)生了“北郊區(qū)人民政府”，管轄范圍未變。
一九八四年五月，根據(jù)國務院《關于政社分開，建立人民政府的工作方案》，小井峪人民公社改建為小井峪鄉(xiāng)人民政府。
一九八五年，南屯生產(chǎn)大隊改成為南屯村，領導機構(gòu)為村民委員會。
一九九七年，國務院批準太原市轄區(qū)行政區(qū)劃調(diào)整方案，將原北城區(qū)、南城區(qū)、河西區(qū)，及南、北郊區(qū)五個區(qū)調(diào)整為迎澤區(qū)、杏花嶺區(qū)、尖草坪區(qū)、萬柏林區(qū)、小店區(qū)、晉源區(qū)六個區(qū)，將原北郊區(qū)管轄的包括小井峪鄉(xiāng)在內(nèi)的五個鄉(xiāng)劃歸萬柏林區(qū)，本村屬萬柏林區(qū)小井峪鄉(xiāng)人民政府。
萬柏林區(qū)政府駐地西礦街，小井峪鄉(xiāng)人民政府駐地下元村。
二零零六年九月，太原市政府對鄉(xiāng)轄管理機構(gòu)進行改制，除保留少數(shù)鄉(xiāng)鎮(zhèn)政府外實行街道辦事處體制，南屯村屬萬柏林區(qū)長風西街道辦事處。
二零一六年四月五日，南屯村改為南屯社區(qū)，南屯村民委員會改為南屯社區(qū)居民委員會。