1962年偏關縣設15個人民公社，南溝生產(chǎn)大隊隸屬于南堡子公社。
1984年9月，偏關縣撤銷人民公社，建立鄉(xiāng)鎮(zhèn)人民政府，生產(chǎn)大隊改為行政村，南溝生產(chǎn)大隊改名南溝村民委員會。
2001年偏關縣并為10個鄉(xiāng)鎮(zhèn)，南溝村民委員會隸屬于南堡子鄉(xiāng)。
2020年5月，全縣“并村簡干”，撤銷車道坡村民委員會，并入南溝村民委員會。
2021年1月，偏關縣撤鄉(xiāng)設鎮(zhèn)，撤銷南堡子鄉(xiāng)和尚峪鄉(xiāng)，合并設立尚峪鎮(zhèn)，南溝村民委員會隸屬于尚峪鎮(zhèn)。