1962年偏關(guān)縣設(shè)15個(gè)人民公社，南堡子生產(chǎn)大隊(duì)隸屬于南堡子公社。
1984年9月，偏關(guān)縣撤銷人民公社，建立鄉(xiāng)鎮(zhèn)人民政府，生產(chǎn)大隊(duì)改為行政村，南堡子生產(chǎn)大隊(duì)改名南堡子村民委員會(huì)。
2001年偏關(guān)縣并為10個(gè)鄉(xiāng)鎮(zhèn)，南堡子村民委員會(huì)隸屬于南堡子鄉(xiāng)。
2020年5月，全縣“并村簡(jiǎn)干”，撤銷黑家莊村民委員會(huì)，并入南堡子村民委員會(huì)。
2021年1月，偏關(guān)縣撤鄉(xiāng)設(shè)鎮(zhèn)，撤銷南堡子鄉(xiāng)和尚峪鄉(xiāng)，合并設(shè)立尚峪鎮(zhèn)，南堡子村民委員會(huì)隸屬于尚峪鎮(zhèn)。