1971年婁煩建縣時稱孔河溝大隊，歸天池店公社管轄，下轄孔河溝、石窯灣、杏樹坡三個自然村。
1981年3月杏樹坡單獨設(shè)立大隊，孔河溝大隊下轄孔河溝、石窯灣兩個自然村。
1984年天池店公社改稱為天池店鄉(xiāng)，同時孔河溝大隊更名為孔河溝村民委員會。
2001年撤鄉(xiāng)并鎮(zhèn)后仍為孔河溝村民委員會，同時撤銷杏樹坡村民委員會，杏樹坡變更為自然村。
孔河溝村民委員會下轄孔河溝、杏樹坡2個自然村。
2020年合并行政村后仍為孔河溝村民委員會。