1961年設(shè)立石頭生產(chǎn)大隊(duì)；1984年撤銷石頭生產(chǎn)大隊(duì)，設(shè)立石頭村村民委員會(huì)。
1949年屬城關(guān)區(qū)南四渠行政村一個(gè)自然村，1950年至1952年屬城關(guān)區(qū)甘井掌行政村，1953年建制變更，石頭村為石頭鄉(xiāng)，1956年由鄉(xiāng)變村屬城關(guān)基點(diǎn)湯莊鄉(xiāng)，1957年屬城關(guān)基點(diǎn)北四渠鄉(xiāng)。
1958年至1960年屬城關(guān)燈塔公社，1961年至1983年為城關(guān)公社石頭生產(chǎn)大隊(duì)，1984年至2000年屬城關(guān)鎮(zhèn)石頭村村民委員會(huì)。
2001年撤鄉(xiāng)并鎮(zhèn)，石頭村歸崇文鎮(zhèn)管轄。