明清時期實行都里制，屬五龍鄉(xiāng)龍山都，下轄五里有三村：南董、天河、山頭。
民國，在明清四鄉(xiāng)（太平、五龍、雄山、八諫）基礎(chǔ)上實行編村制，也稱區(qū)村鎮(zhèn)制，屬縣二區(qū)（駐地蘇店）南董編村、為主村，八府墳、楊家?guī)X為附村，也稱聯(lián)合村。
并設(shè)南董鎮(zhèn)，系一地政治、文化、經(jīng)濟、交通中心。
1949年，沿用區(qū)、村、鎮(zhèn)制。
1953年，撤區(qū)設(shè)鄉(xiāng)，實行鄉(xiāng)村制，屬縣二區(qū)（駐地蘇店）南董鄉(xiāng)，下轄南董、南莊兩村。
至1956年，農(nóng)村進行社會主義改造，組成紅星高級合作社，簡稱“紅星社”。
1958年，開始人民公社化，屬蘇店衛(wèi)星人民公社蘇店管理區(qū)。
1961年，衛(wèi)星人民公社縮劃，實行社隊制，屬蘇店公社，置南董生產(chǎn)大隊，下轄18個生產(chǎn)小隊。
1984年，改公社為鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）政府，屬蘇店鎮(zhèn)，南董大隊隨改為南董村民委員會，下轄4個村民小組。
2000年撤鄉(xiāng)并鎮(zhèn)，仍屬蘇店鎮(zhèn)。
截止2016年底，村政區(qū)劃沿革未變。