秦設栒邑縣，因境內盛產栒木得名。
西晉改名邠邑縣，大夏占領期間縣廢。
北魏太延二年（436）將三水縣（初設于今寧夏固原縣境）遷設境內，后又將高平、爰得二縣遷設境內，北周撤銷高平、爰得2縣，三水縣歷隋唐五代宋金800多年，到元至元七年（1270）撤銷，轄地并入淳化縣。
明成化十三年（1477）九月復設三水縣，1913年復名栒邑縣。
1934年10月，陜甘邊蘇維埃政府在境內設立新正（一作新政）、永紅二縣，1937年5月撤銷永紅縣，1949年5月增設馬欄縣，同年7月撤銷新正縣，9月撤銷馬欄縣。
1958年12月撤銷栒邑縣制，轄地并入邠縣，1961年9月分出復設，1964年9月撤銷栒邑縣，改為旬邑縣至今。
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