1952年12月前，靈丹廟村一直隨桃川區(qū)隸屬于岐山縣轄。
1952年12月設立太白中心區(qū)后，由其桃川區(qū)靈丹廟鄉(xiāng)管轄。
1952年初開始，農村先后經歷了由互助組到初級農業(yè)生產合作社、高級農業(yè)生產合作社，再到生產大隊的歷史轉變。
其間，從1954年起，靈丹廟、杜家村、柳樹店三村合并，先后命名為靈丹廟初級、高級農業(yè)生產合作社和生產大隊，至1958年公社化開始。
此后三個村分開各自單設為生產大隊，均隸屬桃川管理區(qū)（1961年更名為人民公社）；1966年靈丹廟大隊更名紅衛(wèi)大隊并成立革委會，1970年底恢復原名，1980年底改稱大隊管委會；1984年5月撤社建鄉(xiāng)，組建村民委員會，屬桃川鄉(xiāng)；1997年撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)，隸屬桃川鎮(zhèn)。
2005年11月撤村并組時，將原杜家村并入本村，仍以靈丹廟村委會駐地命名并沿用至今。
本村位于桃川之中心，歷來先后是桃川區(qū)、靈丹廟鄉(xiāng)及桃川公社、鄉(xiāng)、鎮(zhèn)的駐地。