解放初屬一區(qū)（新店）。
1956年2月撤區(qū)并鄉(xiāng)屬黃甫鄉(xiāng)；1958年9月屬城關人民公社黃甫管區(qū)五郡生產(chǎn)大隊，1961年5月屬黃甫公社五郡大隊；1984年更名為新店鄉(xiāng)五郡村民委員會，1997年新店鄉(xiāng)改為新店鎮(zhèn)。
2001年12月新店鎮(zhèn)并入城關鎮(zhèn)五郡村村民委員會歸城關鎮(zhèn)管轄。
2015年5月城關鎮(zhèn)改名城關街道辦事處，五郡村村委會歸城關街道管轄。
2016年11月湋川村村民委員會，并入五郡村村民委員會，仍名為五郡村村民委員會。