1949年屬磻溪區(qū)磻溪鄉(xiāng)、清溪區(qū)清溪鄉(xiāng)；1958年為虢鎮(zhèn)公社磻溪管理區(qū)、清溪管理區(qū)；1961年設磻溪公社、清溪公社；1966年更名五星公社、工農(nóng)公社；1970年復名磻溪公社、清溪公社；1984年改磻溪鄉(xiāng)、清溪鄉(xiāng)；1997年，磻溪鄉(xiāng)改為磻溪鎮(zhèn)；2001年12月，撤銷清溪鄉(xiāng)并入磻溪鎮(zhèn)，轄31個村民委員會。
2005年10月，撤銷上河村，并入楊家店村；撤銷雪山洞村，并入潘家灣村。
2018年4月，撤銷張上塬、張下塬兩村，合并成立張家塬村；撤銷上站、下站兩村，合并成立新站村；撤銷景家崖、磻河兩村，合并成立磻溪河村；撤銷三明、二郎廟和胥家溝三村，合并成立三合村；撤銷段家塬、唐家塬和馬尾河三村，合并成立三聯(lián)村；撤銷閆家坪和張家?guī)X村，合并成立閆張村；撤銷斜坡和小寨兩村，合并成立新并村；撤銷小村村，并入潘家灣村。
2018年末，全鎮(zhèn)轄鳳鳴、張家塬、新站、磻溪河、三合、閆張、三聯(lián)、新并、潘家灣、韓家塬、雙基堡、黨家堡、楊家店、劉家山、小庵、祁家溝、任家山、姜家塬等18個行政村。