南堡子村自古以來就屬周、秦、漢、唐、宋、元、明、清管轄；五代十國前期屬岐；公元955年屬后周，公元960年屬北宋；公元1127-1234年屬金；1958年8月建立南堡子生大隊(duì)，同時(shí)設(shè)立大隊(duì)黨支部，隸屬義門人民公社；同年10月劃歸北極人民公社；1961年5月改歸水簾人民公社；同年8月后隸屬南玉子人民公社管轄；1984年政社分設(shè)，設(shè)立南堡子村村民委員會(huì)；2002年11月因撤鄉(xiāng)并鎮(zhèn)，歸義門鎮(zhèn)人民政府管轄。