地境原南部屬上海縣，北部屬寶山縣。
光緒二十五年（1899），吳淞江以南今膠州路以東地域被擴(kuò)占為公共租界。
1927年，南北兩部地境分屬法華、閘北、彭浦、真如、蒲淞等區(qū)。
1943年8月，日偽政權(quán)在全市設(shè)立30個(gè)警區(qū)，區(qū)境內(nèi)建立第十三警區(qū)。
1945年抗日戰(zhàn)爭勝利，12月15日將全市按警區(qū)設(shè)置行政區(qū)，設(shè)立第十三區(qū)，又名普陀區(qū)。
1947年1月，取消序數(shù)區(qū)名，稱普陀區(qū)。
解放后行政境域歷經(jīng)多次調(diào)整，至2009年1月起成今狀。
地名沿用至今。