古名璜溪，宋代起逐漸形成集鎮(zhèn)，清初屬華亭縣，順治十三年（1656）為婁縣境，雍正四年（1726）隸金山縣，屬胥浦鄉(xiāng)四保、五保，1913年建呂巷鄉(xiāng)，（1929年設(shè)呂巷區(qū)，1948年改為鎮(zhèn)建制，1949年解放后設(shè)呂巷區(qū)，1957年撤區(qū)析為廊下、呂巷兩鄉(xiāng)，1958年改為呂巷人民公社，1984年恢復(fù)鄉(xiāng)建制，1986年改為縣屬鎮(zhèn)建制，為呂巷鎮(zhèn)。
1997年金山縣撤縣建區(qū)，呂巷鎮(zhèn)屬金山區(qū)。
2005年原干巷、呂巷兩鎮(zhèn)撤并成立新的呂巷鎮(zhèn)，名稱使用至今。